Từ thế kỷ 7, dưới sự hộ trì của vua Srong Tsan Gampo cùng hai hoàng hậu mộ đạo, Mật giáo Tây Tạng phát triển mạnh mẽ và dần hình thành ba tông phái chính:

Phái Cổ Mật (ATIYOGA)
Hình thành vào thế kỷ VIII, do Padma-Sambhava (Liên Hoa Sanh) sáng lập. Ngài cùng đạo sư Santarakshita truyền bá giáo lý Mật thừa, mở đầu cho sự phát triển sâu rộng của Phật giáo tại Tây Tạng.

Hoàng Mạo (MADHYAMIKA)
Xuất hiện vào thế kỷ 14, là kết quả của cuộc cải cách nền đạo của Đạo sư Tông-Cáp-Ba (Tsongkhapa) khi đạo pháp suy vi. Ngài kêu gọi kẻ tăng người tục trở về với giới luật thanh tịnh, chuyên tâm tham thiền, học đạo, bài trừ mê tín và hủ tục. Nhờ đức hạnh, biện tài và thần thông của Ngài, Phật giáo được chấn chỉnh và phục hưng. Tông phái này về sau hình thành hệ thống Đạt-lai Lạt-ma, trở thành trụ cột của Phật giáo Tây Tạng.

Những Người Áo Vải (KARGYUTPA)
Phái Kargyutpa tu theo pháp Đại Thủ Ấn (Mahamudra), sử dụng Chân ngôn, pháp ấn và linh phù trong việc tu định. Dòng truyền thừa bắt nguồn từ Tilopa, được truyền cho Naropa, rồi đến Marpa – người mang giáo pháp Mật thừa từ Ấn Độ về Tây Tạng và lập nên phái Kargyutpa.

Tất cả ba trường phái Cổ Mật ATIYOGA, phái Hoàng Mạo MADHYAMIKA, phái Những Người Áo Vải KARGYUTPA đã thích hợp với môi trường Tây Tạng và sớm sanh sôi nảy nở, ăn sâu vào đầu óc của dân bản xứ và biến Tây Tạng thành một quốc gia Mật Giáo lớn nhất trên thế giới, cho đến giữa Thế Chiến I và II thì đã lần hồi suy vi.