Mật Giáo được thuyết minh do Đức Thích Tôn Như Lai hay Đại Nhật Như Lai, chuyển danh là Đại Tỳ-lô-giá-na Phật (Phạn ngữ: MAHAVAROCANA) Pháp thân của Ngài Phổ Hiền Bồ-tát (SAMANTABHADRA), thị giả của Đức Thích-ca Mâu-ni, thì trở thành Kim Cang Thủ Bồ-tát hay Kim Cang Tát-đỏa (VAJRAPANI), thị giả của Đức Đại Nhật. Pháp thân Phật, Đức Tỳ-lô-giá-na Như Lai, ở tại cõi trời MA HÊ THỦ LA THIÊN, tức Kim Cang Pháp giới cung, qua ứng thân của Ngài là Đức Phật Thích-ca ở tại cõi Ta-bà này, sau khi thành đạo vào ngày thứ bảy, đang lúc thọ hưởng pháp lạc, đã vì Ngài Kim Cang Tát-đỏa và các vị Đại Bồ-tát ở mười phương thế giới khác đến tập hội mà xiển dương giáo pháp bí mật. Đó là thời gian khởi nguyên của Tông Chơn Ngôn vậy.
Ngài Kim Cang Bồ-tát đích thân chịu làm lễ “Quán Đảnh”, kế thừa pháp mầu nhiệm của Đức Đại Nhật Như Lai, lãnh thọ lời Phật dạy, đem giáo pháp ra hoằng hóa và kiết tập thành 2 bộ kinh: Kinh Đại Nhật và kinh Kim Cang Đảnh lập thành Thai Tạng Giới Mandala và Kim Cang Giới Mandala. Tại sao 2 Mandala này được gọi là Thai Tạng và Kim Cang?
–“Đại Nhật Kinh Sớ” giải thích: “Ước1 về Thai Tạng do nhân duyên cha mẹ giao hợp, thần thức mới gá vào trong thai, rồi do gió nghiệp2 tượng thành lần lần lớn lên. Đến khi đứa bé được sinh ra thì gân xương, chi tiết đã hoàn thành, các căn đều đầy đủ3. Từ đó đứa bé lấy theo tộc tánh cha mẹ. Cũng thế, hành giả y theo “Chơn Ngôn Môn” học tập Đại bi muôn hạnh, tịnh tâm lần lần hiển hiện. Do tâm Đại bi, những việc làm đều vì kiến lập chúng sanh, khiến cho thành tựu sự vui trong pháp giới vô tận. Rồi từ đó, công quả viên mãn, lên ngôi Vô thượng Bồ-đề, được vào dòng giống của Như Lai. Cho nên Đại bi Thai tạng là ước theo dụ mà đặt tên. Đó là y theo Thánh thai bi trí của chư Phật vào nơi đạo tràng tam mật tương ứng, nương phương tiện khéo để thành tựu chủng tử Bản giác4 của mình và tất cả chúng sanh vậy.
–Còn “Kim Cang Đảnh Sớ” có nói: “Kim Cang bao gồm 2 ý nghĩa “bền chắc” và năng dụng “cứng bén”. Bền chắc nên không thể phá hoại, cứng bén nên có thể phá hoại các vật khác.
Nói “bền chắc” là ví cho chân lý Bí mật chẳng thể nghĩ bàn của thật tướng5, luôn luôn vẫn thường còn, không thể phá hoại. “Năng dụng cứng bén” là dụ cho trí dụng của Như Lai có công năng dẹp phá hết hoặc chướng6, làm hiện rõ chân lý thật tướng. Lại theo thế gian, Kim Cang có ý nghĩa không thể phá hoại, chất báu trong các thứ báu và là vật thù thắng trong các chiến-cụ. Đây là tiêu biểu cho Pháp Thân. Nói không thể phá hoại là tiêu biểu cho Pháp Thân của tất cả Như Lai: không sanh, không diệt, không trước, không sau, bền bỉ thường còn không hư hoại. Nói chất báu trong các thứ báu là tiêu biểu cho thật tướng “Trung Đạo” đầy đủ hằng sa Công đức. Nói vật thù thắng trong các chiến-cụ là tiêu biểu cho lý “Đệ Nhất Nghĩa Không7”, tất cả phiền não không thể đối địch. Đạo lý ấy như thế, không phải Trời, Người, hay chư Phật tạo tác ra được, nên gọi là Kim Cang.
Ngài Kim-Cang Bồ-tát đã viết 2 quyển kinh Đại Nhật và Kim Cang Đảnh, mỗi bộ có khoảng mười vạn bài tụng. Ngài lưu pháp lại trong một cái tháp sắt được gọi là “Nam Thiên Thiết Tháp8”.
Về sau, Ngài Long Thọ Bồ-tát khai tháp sắt Nam Thiên này, nhờ thần lực gia trì, chính Ngài thấy Ngài Kim Cang Tát-đỏa mật truyền cho Đại Pháp9 và chú phúc10 lại 2 bộ kinh Đại Nhật và Kim Cang.
Ngài Long Thọ Bồ-tát (NAGARJONA 150-250 D.L) là người mạn Nam Ấn Độ, cực thông minh đỉnh ngộ. Ông là bậc thầy tổ của 8 tông phái Đại thừa Phật giáo, ngoài ra còn quán triệt đạo lý của mỗi tôn giáo khác trên đất Ấn lúc bấy giờ. Lập trường thuyết giáo của Ngài vững chắc cho đến nỗi không có một học phái Đại thừa nào sau Ngài vượt qua nổi khi giải thích về những giáo lý căn bản của Phật dạy. Mật tông Phật giáo cũng như các tông phái Đại thừa khác đều đặt cơ sở trên lập trường không lý11 của Ngài (Trung Quán). Ngài được so sánh như là Phật Tổ tái thế.
Ngài Long Thọ về sau truyền pháp này cho Ngài Long Trí, là một cao tăng tại viện Đại học Nalanda.
Đại học đường Nalanda là trường Phật giáo lớn nhất ở Ấn Độ. Nơi đây rèn đúc các vị cao tăng Mật Giáo và các tông phái Đại thừa khác. Chư vị Tổ Sư nối nhau mà truyền đạo phần nhiều đều dạy học tại trường ấy. Các Ngài Vô Trước, Thế Thân đều từng là giáo sư tại viện đại học đầu tiên này của Phật giáo. Giới Hiền Luận Sư cũng đã nối tiếp làm Thượng tọa tại đây. Lúc ông đã trên trăm tuổi, Huyền Trang ở Trung Quốc sang vào năm 633 và đã thụ pháp với ông. Các cao tăng hoằng truyền Mật Pháp ở các nước khác sau này đều xuất thân từ đây.
Long Thọ (Nagarjuna), vị Tổ thứ I
(Tranh vẽ Nhật Bản giai đoạn thế kỷ 13 – 14)
Bức tường cũ của tu viện Nalanda
Long Trí A-xà-lê (Nagabodhi), vị Tổ thứ II
(Tranh vẽ Nhật Bản giai đoạn thế kỷ 13 – 14)
Ngài Long Trí sau khi thọ pháp với ngài Long Thọ, đã truyền pháp và giáo hóa các nước miền Nam Thiên Trúc và Tích Lan. Ngài Long Trí đã thọ hơn 700 tuổi.
Mật Giáo sau đó đã sớm được phổ biến về hướng Bắc để sang Tây Tạng, Trung Hoa và Nhật Bản và về hướng Nam để qua mấy xứ Tích Lan, Miến Điện, Nam Dương, Cao Miên, Lào… để trở thành 2 ngành Mật Giáo chính: Mật tông Nam Tông và Mật tông Bắc Tông.