Dù cùng là Mật tông Tây Tạng, nhưng mỗi tông phái lại có phương cách tu tập riêng biệt:

1. PHÁI CỔ MẬT
Do Ngài PADMA-SAMBHAVA (Liên Hoa Sanh) – một giáo sư về khoa học thần bí sáng lập vào thế kỷ thứ 8. Các hành giả phái này thường đội mũ hồng (nên còn gọi là Hồng Mao Phái) và tập trung tu tập theo giáo lý Mật Thừa của Đại Thừa.

Sự xuất hiện của phái này đã giúp nước Tây Tạng tiến hóa nhanh chóng về văn minh học thuật, nâng cao tinh thần đạo đức và đưa giáo lý Mật Thừa của Đại Thừa phổ biến rộng rãi đến đa số dân chúng.

2. PHÁI HOÀNG MẠO
Được Ngài TSONGKHAPA thành lập vào thế kỷ 14 nhằm chấn chỉnh và đưa kẻ tăng, người tục trở về với chánh giáo. Đặc trưng bởi chiếc Mũ Vàng, phái này nhấn mạnh vào việc ăn ở trong sạch, giữ luật đạo nghiêm chỉnh, trai giới đạo hạnh và tinh tấn tham thiền thay vì chuyên về phù phép, ếm quỷ hay xem vận mạng.

Đây là dòng phái gắn liền với các đời Đạt-lai Lạt-ma, những vị được dân chúng tôn vinh là Phật giáng thế để duy trì sự tu hành thanh tịnh.

3. PHÁI NHỮNG NGƯỜI ÁO VẢI
Do Ngài MARPA truyền lại và đạt đến sự hưng thịnh nhất qua sự kế thừa của Ngài MILAREPA. Đúng như tên gọi, các hành giả thường mặc y phục vải trắng, sống khổ hạnh và thiền định trong các vùng thâm sơn cùng cốc tuyết phủ giá lạnh.

Phương pháp tu hành cốt lõi là triết lý Đại Thủ Ấn (MAHAMUDRA), sử dụng chơn ngôn, pháp ấn và linh phù trong việc tu định, phối hợp nhân tâm với thiên tâm nhằm đạt được sự giác ngộ và giải thoát vô thượng.