Phương pháp tu hành trọng yếu của Mật Tông là Tam Mật, dựa trên thân – ngữ – ý:
👐 Thân mật: Tay bắt ấn.
🗣️ Ngữ mật: Miệng niệm Chơn Ngôn.
🧠 Ý mật: Tâm chuyên vào Tam-ma-địa (thiền định).

Phật và chúng sanh đều do Lục Đại làm thể, bốn Mandala làm tướng — chỉ khác nhau ở tịnh và nhiễm, ngộ và mê. Chúng sanh muốn được như Phật phải tu hành theo pháp Tam Mật:

1. Tay bắt ấn tịnh được thân nghiệp.
2. Miệng niệm chơn ngôn tịnh được khẩu nghiệp.
3. Trí quán tưởng Đức Đại Nhật Như Lai, hay các chủng tử tự, hoặc linh phù, mà dẹp được vọng tưởng, ý nghiệp được thanh tịnh.

Tu Tam Mật chia thành hai giai đoạn lớn:

1️⃣ Tam Mật Gia Trì: Làm chủ được thân, ngữ, ý. Tâm thanh tịnh của hành giả được ánh sáng Đức Đại Nhật chiếu vào (“gia”), tâm thủy mình cùng cảm chịu, thu nhận được ánh sáng mầu nhiệm ấy (“trì”).

2️⃣ Tam Mật Du già: Ánh sáng của Đức Đại Nhật và ánh sáng tâm hành giả hiệp lại không sai khác. Đến đây tức là công phu tu hành hữu tướng tam mật đã thành tựu.